Việc chấm dứt cơ chế thuế khoán và chuyển sang hình thức tự kê khai thuế theo doanh thu thực tế không chỉ đòi hỏi thay đổi thói quen quản lý, mà còn buộc hộ kinh doanh phải làm quen với các quy định chặt chẽ hơn liên quan đến hóa đơn điện tử, khấu trừ chi phí và nghĩa vụ thuế. Nhiều hộ lo ngại không kịp thích ứng, đặc biệt trong bối cảnh hệ thống hướng dẫn chi tiết vẫn đang trong quá trình hoàn thiện.
Theo Nghị quyết 198/2025/QH15, chỉ còn ít ngày nữa phương thức nộp thuế khoán sẽ chính thức dừng áp dụng. Từ ngày 1/1/2026, toàn bộ hộ kinh doanh trên cả nước phải chuyển sang hình thức tự kê khai thuế dựa trên doanh thu thực tế phát sinh. Đây được xem là bước đi lớn trong lộ trình minh bạch hóa hoạt động kinh doanh và quản lý thuế, song cũng đặt ra không ít thách thức trong giai đoạn đầu triển khai.
Ảnh: Báo Chính phủ.
Sát “giờ G”, nhiều vấn đề liên quan đến ngưỡng miễn thuế, thủ tục kê khai, hoàn thuế và quy định xuất hóa đơn vẫn khiến hộ kinh doanh lúng túng. Tại hội nghị đối thoại về chính sách thuế và hải quan do Bộ Tài chính phối hợp với Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam tổ chức ngày 26/12, một hộ kinh doanh tại Hà Nội nêu câu hỏi: theo quy định mới, hộ kinh doanh kê khai theo quý, nhưng nếu đến cuối năm tổng doanh thu thực tế dưới 500 triệu đồng thì có được hoàn thuế hay không và thủ tục hoàn thuế sẽ được thực hiện như thế nào.
Giải đáp vấn đề này, đại diện Cục Thuế cho biết Bộ Tài chính đang xây dựng dự thảo thông tư hướng dẫn cụ thể về hồ sơ và thủ tục quản lý thuế đối với hộ và cá nhân kinh doanh. Theo dự thảo, người kinh doanh sẽ tự xác định doanh thu năm từ 500 triệu đồng trở xuống và thông báo với cơ quan thuế một lần, chậm nhất là ngày 31/1 của năm kế tiếp. Quy định này nhằm giảm bớt thủ tục hành chính, đồng thời tạo cơ sở pháp lý rõ ràng cho việc xác định nghĩa vụ thuế.
Không chỉ các hộ kinh doanh truyền thống, nhóm kinh doanh trên sàn thương mại điện tử cũng bày tỏ nhiều lo ngại. Một số hộ cho biết hiện nay các sàn đã thực hiện chức năng khấu trừ và nộp thuế thay, tuy nhiên với những hộ có doanh thu từ 3 tỷ đồng/năm trở lên, câu hỏi đặt ra là liệu có bắt buộc phải xuất hóa đơn điện tử thông qua phần mềm của bên thứ ba hay không. Bên cạnh đó, khi phương pháp tính thuế có xu hướng chuyển dần từ doanh thu sang lợi nhuận, việc xác định chi phí hợp lý để khấu trừ được đánh giá là rất khó khăn, có thể vô tình làm gia tăng gánh nặng thuế cho người kinh doanh nhỏ lẻ.
Trước những băn khoăn này, Cục Thuế dẫn chiếu quy định tại khoản 7, điều 4 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Theo đó, người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ được phép ủy nhiệm cho bên thứ ba lập hóa đơn điện tử. Hóa đơn phải thể hiện rõ tên đơn vị bán là bên ủy nhiệm, đồng thời việc ủy nhiệm phải được lập thành văn bản và thông báo cho cơ quan thuế khi đăng ký sử dụng hóa đơn. Trong trường hợp hóa đơn không có mã của cơ quan thuế, bên nhận ủy nhiệm vẫn có trách nhiệm chuyển dữ liệu hóa đơn đến cơ quan thuế thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.
Đối với phương pháp tính thuế của cá nhân và hộ kinh doanh, cơ quan thuế cho biết Bộ Tài chính đang tiếp tục hoàn thiện các dự thảo nghị định và thông tư liên quan, nhằm làm rõ nguyên tắc tính thuế, quản lý doanh thu và nghĩa vụ kê khai, qua đó tạo hành lang pháp lý đồng bộ cho giai đoạn chuyển đổi từ năm 2026.
Nhìn từ góc độ chuyên môn, Phó Tổng thư ký Hội Tư vấn thuế Việt Nam (VTCA), bà Lê Thị Duyên Hải, cho rằng người nộp thuế hiện đang đối mặt với ba nhóm vướng mắc lớn, tập trung vào hóa đơn điện tử, xử phạt vi phạm thuế và các quy định mới áp dụng cho hộ kinh doanh. Trong đó, vướng mắc đầu tiên liên quan đến thời điểm lập hóa đơn theo Nghị định 123, được sửa đổi bởi Nghị định 70. Với những ngành nghề có giao dịch phát sinh thường xuyên, số lượng lớn và cần thời gian đối soát, việc yêu cầu lập hóa đơn ngay tại thời điểm cung cấp dịch vụ là khó khả thi, nhưng người nộp thuế vẫn có nguy cơ bị xử phạt nếu chậm trễ.
Từ thực tế này, VTCA kiến nghị mở rộng phạm vi cho phép lập hóa đơn trên cơ sở bảng kê vào cuối tháng hoặc sau khi kết thúc dịch vụ, với điều kiện người nộp thuế có hệ thống phần mềm minh bạch, cho phép truy xuất dữ liệu khi cần thiết. Các lĩnh vực được đề xuất áp dụng gồm vận tải hàng hóa, vận tải hành khách, quản lý chung cư, ngân hàng, chứng khoán, bảo hiểm và một số dịch vụ đặc thù khác.
Nhóm vướng mắc thứ hai liên quan đến chế tài xử phạt. Mặc dù Nghị định 310/2025 đã điều chỉnh giảm mức phạt, song nhiều ý kiến cho rằng mức xử phạt hiện nay vẫn chưa tương xứng với tính chất và mức độ vi phạm. Thực tế có trường hợp người nộp thuế khai sai hồ sơ nhưng không làm thiếu số thuế phải nộp vẫn bị phạt từ 5-8 triệu đồng, gây tâm lý lo lắng cho hộ kinh doanh nhỏ.
Nhóm vấn đề thứ ba xuất phát từ việc chuẩn bị áp dụng Luật Quản lý thuế và Luật Thuế thu nhập cá nhân sửa đổi. Do hệ thống văn bản hướng dẫn chưa đầy đủ, nhiều hộ kinh doanh lo ngại rủi ro sai sót trong giai đoạn đầu chuyển đổi. VTCA đề xuất trong năm đầu tiên áp dụng cơ chế tự kê khai, cơ quan quản lý nên xem xét miễn xử phạt đối với các sai sót mang tính thủ tục, không làm ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế thực tế.
Một nội dung đáng chú ý khác là trách nhiệm khấu trừ, khai thay và nộp thay thuế của các sàn thương mại điện tử theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP. Theo quy định, sàn có chức năng thanh toán phải thực hiện khấu trừ thuế cho người bán. Tuy nhiên, nhiều sàn hiện không nhận ủy nhiệm xuất hóa đơn, trong khi dữ liệu giao dịch lại do chính sàn nắm giữ, khiến hộ kinh doanh rơi vào thế bị động và tiềm ẩn rủi ro về tuân thủ. Từ đó, VTCA kiến nghị cần xem xét theo hướng sàn thương mại điện tử đã khấu trừ thuế thì đồng thời phải thực hiện việc xuất hóa đơn thay cho người bán.
Tuệ Tâm