Nhà ga T2 Nội Bài sau khi mở rộng đã thay đổi toàn bộ sơ đồ quầy làm thủ tục, từ vị trí đảo check-in đến phân luồng cửa vào. Không gian thông thoáng hơn, nhưng nếu không nắm rõ lộ trình, hành khách rất dễ mất thời gian di chuyển, thậm chí ảnh hưởng giờ bay.
Tại Nhà ga T2 Nội Bài, khu vực làm thủ tục hiện được bố trí từ đảo A đến đảo L theo hướng Đông sang Tây, tương ứng ba cửa vào chính là D1, D2 và D3. Việc chọn đúng cửa ngay từ đầu giúp rút ngắn đáng kể quãng đường kéo hành lý.
Vietnam Airlines bố trí khu vực lớn nhất phía Đông nhà ga, thuận tiện đi từ cửa D1 hoặc D2. Đảo A từ A1 đến A12 dành cho khách tự ký gửi hành lý và một số chuyến bay đêm đi Pháp, Đức. Đảo B từ B1 đến B12 phục vụ khách hạng Thương gia, khách có thẻ ưu tiên và hạng Phổ thông Đặc biệt. Đảo C từ C1 đến C12 dành cho khách hạng Phổ thông trên toàn bộ các chặng quốc tế, bao gồm cả đường bay đi Nhật Bản.
Vietjet Air tập trung toàn bộ chuyến bay quốc tế tại đảo E từ E1 đến E12, lối vào thuận tiện nhất là cửa D2. Nếu vào nhầm cửa D1, hành khách sẽ phải di chuyển khá xa sang khu vực này.
Các hãng hàng không Nhật Bản bố trí gần cửa D3. Japan Airlines làm thủ tục tại đảo G từ G1 đến G7, All Nippon Airways tại đảo H từ H1 đến H6.
Sơ đồ quầy thủ tục tại Nhà ga T2 Nội Bài được sắp xếp lại từ đảo A đến L, tương ứng các cửa D1, D2, D3. Việc đi đúng cửa ngay từ đầu giúp hành khách hạn chế đi xa, tránh nguy cơ trễ chuyến.
Ngoài việc xác định đúng đảo check-in tại Nhà ga T2 Nội Bài, hành khách cần kiểm tra lại số cửa ra tàu bay sau khi qua an ninh do hệ thống cổng đã được đánh số lại. Các khung giờ cao điểm, đặc biệt với chuyến bay đi Nhật Bản, Hàn Quốc hoặc châu Âu vào sáng sớm và đêm muộn, thường xảy ra ùn ứ tại khu vực an ninh và xuất nhập cảnh. Hành khách nên có mặt tại sân bay tối thiểu ba giờ trước giờ khởi hành để tránh rủi ro trễ chuyến.
Cục Hàng không Việt Nam yêu cầu chấn chỉnh tình trạng phi công 'bay quá tốc độ'.