Theo Kết luận, Bộ NNPTNT cùng các bộ, ngành và các tỉnh, thành phố đã có nhiều cố gắng trong việc tham mưu ban hành cơ chế, chính sách, dự báo tình hình; bố trí nguồn lực để tu bổ, sửa chữa đê điều, tăng cường hệ thống thủy lợi nhằm hạn chế tối đa những thiệt hại do bão, lũ, hạn hán, sạt lở đất... gây ra, góp phần đưa ngành nông nghiệp phát triển ngày một bền vững. Tuy nhiên, trong quá trình quản lý vẫn còn những tồn tại, khuyết điểm, vi phạm.
Trong đó, đáng chú ý là việc Bộ NNPTNT lập mới 7 quy hoạch thủy lợi đối với một số lưu vực sông, vùng, miền với giai đoạn quy hoạch là 12 năm, vượt 2 năm và việc chưa lấy ý kiến của Bộ Kế hoạch và Đầu tư là thực hiện không đúng quy định. Từ việc Bộ NNPTNT, UBND một số tỉnh thực hiện không đúng các quy định pháp luật trong việc lập, thẩm định, phê duyệt, điều chỉnh, bổ sung các quy hoạch thủy lợi dẫn đến thiếu cơ sở để triển khai thực hiện kế hoạch phát triển kinh tế do giai đoạn của quy hoạch và giai đoạn của kế hoạch phát triển kinh tế không phù hợp nhau, thiếu cơ sở để phê duyệt chủ trương đầu tư xây dựng, quản lý khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi.
Theo thanh tra Chính phủ, Bộ NNPTNT đã phê duyệt chủ trương đầu tư 2 dự án từ nguồn Trái phiếu Chính phủ; 46 dự án thành phần thuộc kế hoạch đầu tư trung hạn; dự án hoàn thiện đê tả đáy từ km 10+200 đến km 14+700 tại TP Hà Nội và dự án tu bổ hệ thống đê điều xung yếu tỉnh Thái Bình khi quy hoạch đê điều của các tỉnh chưa phê duyệt và quy hoạch đê điều trong quy hoạch 257 chưa đủ cơ sở để xác định các dự án đầu tư, thiếu cơ sở để quản lý dự án đầu tư xây dựng, tu bổ, nâng cấp đê điều tại các tỉnh theo Luật Đê điều.
Theo báo cáo của Bộ NNPTNT, từ năm 2018 đến năm 2023, Cục Quản lý đê điều và Phòng chống thiên tai đã tham mưu Bộ ban hành và ban hành theo thẩm quyền 460 văn bản có ý kiến về việc chấp thuận để UBND tỉnh cấp giấy phép theo quy định và các ý kiến liên quan đến việc sử dụng bãi sông. Tuy nhiên có 4 dự án xây dựng công trình trên bãi sông khi Bộ NNPTNT chưa có ý kiến thẩm định các nội dung liên quan đến việc thoát lũ, an toàn đê điều trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; có 3 dự án xây dựng trái phép... Việc một số tỉnh không thực hiện ý kiến của Bộ NNPTNT trong việc chấp thuận đầu tư dự án; buông lỏng quản lý đê điều, khi phát hiện sai phạm thì xử lý thiếu kiên quyết, dứt điểm dẫn đến các dự án vẫn được thực hiện và tồn tại.
Việc xử lý vi phạm còn tồn đọng 1.015 vụ việc. UBND các tỉnh (trong đó có Hà Nội, Thái Bình, Bắc Ninh, Nghệ An, Đồng Tháp) khi phát hiện vi phạm về đê điều đã xử lý không nghiêm, không dứt điểm; không thực hiện nghiêm các Chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ, ảnh hưởng đến an toàn đê điều và thu hẹp không gian thoát lũ.
Thanh tra Chính phủ cũng chỉ rõ, từ năm 2018 đến năm 2023, các cơ quan thuộc Bộ NNPTNT đã tiến hành 8 cuộc thành tra, kiểm tra, tuy nhiên một số tồn tại, vi phạm trong quản lý nhà nước về phòng, chống thiên tai chưa được phát hiện, xử lý kịp thời. Trách nhiệm thuộc Bộ NNPTNT trong chỉ đạo công tác thanh tra, kiểm tra...
Về xử lý trách nhiệm, Tổng thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ NNPTNT, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, căn cứ vào Kết luận thanh tra tổ chức kiểm điểm để xử lý trách nhiệm theo quy định của Đảng và Nhà nước đối với tập thể, cá nhân lãnh đạo Bộ có liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm. Chỉ đạo UBND các tỉnh, thành phố: Hà Nội, Bắc Ninh, Thái Bình, Nghệ An, Hà Tĩnh, Cà Mau, Đồng Tháp, Hà Nam, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nam Định, Quảng Ninh, Hải Dương, Bắc Giang... tổ chức kiểm điểm để xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân lãnh đạo UBND tỉnh, thành phố có liên quan đến khuyết điểm, vi phạm.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị, trong quá trình thanh tra, kiểm tra, rà soát và thực hiện Kết luận thanh tra, các cơ quan, tổ chức, cá nhân được giao thực hiện nếu phát hiện hành vi vi phạm pháp luật có dấu hiệu tội phạm thì chuyển hồ sơ đến cơ quan điều tra xem xét, xử lý theo quy định của pháp luật.
Tại buổi công bố Kết luận thanh tra, Thứ trưởng Bộ NNPTNT Nguyễn Hoàng Hiệp cho biết, căn cứ Kết luận thanh tra, lãnh đạo Bộ đã chỉ đạo Thanh tra Bộ dự thảo kế hoạch thực hiện kết luận thanh tra. Dự kiến trong quý I/2025 sẽ tổ chức kiểm điểm các tập thể, cá nhân có liên quan. Đối với các biện pháp khắc phục về thể chế cho phép Bộ kéo dài hơn các nội dung khác vì sắp tới sáp nhập các đơn vị nên các văn bản, quy phạm pháp luật sẽ có những thay đổi.
Đức Sơn