Nông nghiệp là ngành đóng góp hơn 12% GDP quốc gia và là trụ cột xuất khẩu với kim ngạch đạt khoảng 53 tỷ USD trong 9 tháng đầu năm 2025. Với những đề xuất tháo gỡ vướng mắc từ thực tiễn, dự án luật này không chỉ đảm bảo sự thống nhất pháp lý mà còn khơi thông dòng vốn, thúc đẩy sản xuất bền vững và nâng cao sức cạnh tranh của hàng hóa Việt Nam trên thị trường quốc tế.
Kim ngạch xuất khẩu nông nghiệp Việt Nam đạt khoảng 53 tỷ USD trong 9 tháng đầu năm 2025.
Mới đây, ngày 26/11/2025, Bộ trưởng Bộ Tài chính, thay mặt Chính phủ và thừa ủy quyền Thủ tướng, đã ký Tờ trình số 1090/TTr-CP gửi Quốc hội và Ủy ban Thường vụ Quốc hội, đề nghị xem xét, thông qua Dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT. Dự thảo tập trung vào ba nội dung cốt lõi, nhằm thực hiện mục tiêu kép: hỗ trợ doanh nghiệp khôi phục sản xuất kinh doanh sau thiên tai và khắc phục các bất cập từ Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 – được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2024 và có hiệu lực từ 01/7/2025.
Theo Bộ Tài chính, quá trình triển khai luật mới đã nhận được hàng loạt kiến nghị từ Bộ Nông nghiệp và Môi trường, các hiệp hội ngành hàng như Hiệp hội Cà phê - Ca cao Việt Nam, Hiệp hội Hồ tiêu và Cây gia vị Việt Nam, Hiệp hội Lương thực Việt Nam, cùng doanh nghiệp, phản ánh rõ những vướng mắc về chính sách thuế đối với nông sản, thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế.
Thứ nhất, dự thảo đưa trở lại quy định không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường khi mua bán ở khâu thương mại. Quy định này khắc phục tình trạng doanh nghiệp phải nộp thuế GTGT 5% đầu vào cho các mặt hàng nông sản – vốn phần lớn dành cho xuất khẩu như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê – dẫn đến vòng luẩn quẩn "thu rồi lại hoàn". Theo ước tính từ các hiệp hội, chỉ riêng trong sáu tháng cuối năm 2025, số thuế GTGT bị đọng vốn lên đến hàng nghìn tỷ đồng: khoảng 5.000 tỷ đồng đối với ngành cà phê - ca cao, 2.162 tỷ đồng cho hồ tiêu và cây gia vị, cùng 2.016 tỷ đồng cho lương thực. Việc loại bỏ gánh nặng này sẽ giảm áp lực tài chính, giúp doanh nghiệp tăng hiệu quả kinh doanh và hỗ trợ nông dân thu hoạch vụ mới sau bão lũ, đồng thời đảm bảo công bằng giữa hàng nội địa và nhập khẩu – vốn không chịu thuế GTGT tương tự.
Thứ hai, dự thảo điều chỉnh chính sách thuế GTGT đối với các sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, áp dụng theo quy định của pháp luật chuyên ngành về thức ăn chăn nuôi. Trước đây, các sản phẩm này bị xếp vào nhóm không chịu thuế, khiến doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi không được khấu trừ hoặc hoàn thuế đầu vào. Với sửa đổi này, cơ sở kinh doanh sẽ không phải chịu thuế GTGT 5% ở khâu thương mại, từ đó giảm chi phí sản xuất – ước tính chiếm 20-30% tổng chi phí – và tăng khả năng cạnh tranh với sản phẩm nhập khẩu từ các nước như Mỹ, Thái Lan. Điều này đặc biệt quan trọng trong bối cảnh Việt Nam nhập khẩu hơn 15 triệu tấn thức ăn chăn nuôi mỗi năm, giúp ngành chăn nuôi nội địa phục hồi sau thiệt hại từ bão số 12 và 13, đồng thời hỗ trợ hơn 4 triệu hộ chăn nuôi nhỏ lẻ.
Thứ ba, dự thảo bỏ điều kiện yêu cầu người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế. Quy định cũ đã gây chậm trễ trong quy trình hoàn thuế cho cơ sở xuất khẩu, đặc biệt với các doanh nghiệp nông nghiệp phải chờ xác minh từ nhiều bên. Việc loại bỏ sẽ rút ngắn thời gian hoàn thuế từ hàng tháng xuống chỉ còn vài tuần, giải phóng dòng vốn nhanh chóng và giảm rủi ro tài chính, phù hợp với Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Thuế GTGT từ 01/7/2025. Theo Bộ Tài chính, thay đổi này sẽ góp phần thực hiện Nghị quyết 174/2025/NĐ-CP về giảm 2% thuế GTGT từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026, nhằm kích thích tiêu dùng và sản xuất nội địa.
Nhiều ý kiến cho rằng việc sửa Luật Thuế giá trị gia tăng sẽ giúp khơi thông nguồn lực cho lĩnh vực nông nghiệp.
Nhìn nhận về dự thảo, nhiều chuyên gia và doanh nghiệp đánh giá đây là bước đi kịp thời, thể hiện quyết tâm của Chính phủ trong việc hoàn thiện chính sách thuế theo hướng hỗ trợ doanh nghiệp, đảm bảo công bằng thị trường và thúc đẩy tăng trưởng xanh trong nông nghiệp.
Bà Nguyễn Thị Cúc, Chủ tịch Hội Tư vấn Thuế Việt Nam (VTCA), nhấn mạnh rằng việc đưa trở lại cơ chế không kê khai, tính nộp thuế nhưng được khấu trừ đầu vào cho nông sản qua khâu thương mại là "vấn đề rất lớn mà cộng đồng doanh nghiệp đã kiến nghị từ lâu". Theo bà Cúc, dưới Luật cũ trước 01/7/2025, nông sản mua trực tiếp từ nông dân không chịu thuế, và khâu thương mại cũng không phải nộp thuế đầu ra mà vẫn khấu trừ đầu vào.
Tuy nhiên, luật mới đã chuyển khâu thương mại sang chịu thuế 5%, tạo bất cập khi nông dân – đối tượng không chịu thuế – không có hóa đơn đầu vào để khấu trừ. "Nếu sản phẩm nhập khẩu không chịu thuế GTGT, trong khi hàng nội địa qua thương mại phải chịu 5%, phần thuế này trở thành chi phí thực tế, đẩy giá vốn tăng, ảnh hưởng trực tiếp đến xuất khẩu. Giá bán không thể tăng tương ứng, dẫn đến giảm kim ngạch và sức cạnh tranh", bà Cúc phân tích. Bà cũng ủng hộ mạnh mẽ đề xuất của Bộ Tài chính, cho rằng nó sẽ giúp doanh nghiệp giảm chi phí, khuyến khích xuất khẩu và tạo động lực phục hồi sản xuất sau thiên tai.
Cùng quan điểm, các hiệp hội ngành hàng và doanh nghiệp cho rằng, sửa đổi này phù hợp với thực tiễn, góp phần khơi thông dòng vốn bị đọng khoảng 9.000-10.000 tỷ đồng trong năm 2025, đồng thời hỗ trợ thực hiện Chiến lược phát triển nông nghiệp bền vững đến 2030.
Trong bối cảnh bão lũ miền Trung và miền Bắc gây thiệt hại hơn 20.000 tỷ đồng cho nông nghiệp, việc tháo gỡ "điểm nghẽn" thuế sẽ giúp doanh nghiệp nhanh chóng tái đầu tư vào giống cây, công nghệ chế biến, từ đó nâng cao giá trị gia tăng cho các mặt hàng chủ lực. Nếu được Quốc hội thông qua tại kỳ họp thứ 9 (dự kiến tháng 12/2025), Luật sửa đổi sẽ có hiệu lực ngay từ đầu năm 2026, tạo đà cho tăng trưởng xuất khẩu nông sản đạt mục tiêu 60 tỷ USD, đồng thời khẳng định cam kết của Việt Nam trong các hiệp định thương mại tự do như CPTPP và EVFTA.
Với những điều chỉnh này, khung pháp lý thuế GTGT không chỉ trở nên linh hoạt hơn mà còn thực sự là "cầu nối" giữa chính sách nhà nước và nhu cầu thực tiễn của doanh nghiệp, góp phần xây dựng một nền nông nghiệp hiện đại, chống chịu và hội nhập toàn cầu.
Bảo Loan