Nền kinh tế Việt Nam ghi nhận những tín hiệu tích cực từ các ngành xuất khẩu chủ lực, trong đó thủy sản, gạo và cà phê đóng vai trò quan trọng. Tuy nhiên, các hiệp hội đại diện cho các ngành hàng này đang đồng loạt lên tiếng về những vướng mắc phát sinh từ Luật Thuế VAT năm 2024 có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, đặc biệt là các quy định về thuế suất và hoàn thuế. Những bất cập này đang tạo ra áp lực lớn về vốn và rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp, đe dọa đến sức cạnh tranh của hàng hóa Việt Nam trên thị trường quốc tế.
BẤT CẬP TRONG VIỆC ÁP DỤNG THUẾ SUẤT VÀ GÁNH NẶNG VỀ VỐN
Theo Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản (VASEP), ngành thủy sản Việt Nam đang gặp khó khăn khi cùng một mặt hàng “thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” nhưng lại phải chịu hai mức thuế khác nhau: Theo Luật Thuế Giá trị gia tăng (Thuế VAT) 2024, nếu theo khoản 1, điều 5 thì sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế. Nhưng nếu áp dụng mục d, khoản 2, điều 9 lại phải chịu thuế suất 5%.
Mặt khác, doanh nghiệp chế biến thủy sản phải nộp thuế VAT 5% nếu nguyên liệu thủy sản mua qua nậu vựa (qua khâu thương mại) nhưng các tổ chức tín dụng lại không giải ngân cho phần thuế này khi cấp vốn lưu động. Điều này trực tiếp gây áp lực vốn, làm tăng chi phí sản xuất, giảm hiệu quả kinh doanh, giảm sức cạnh tranh của sản phẩm thủy sản Việt Nam.
Tương tự, Hiệp hội Lương thực Việt Nam (VFA) và Hiệp hội Cà phê Ca cao Việt Nam (VICOFA) cũng bày tỏ sự lo ngại khi gạo và cà phê nhân, vốn là những mặt hàng xuất khẩu chủ lực, cũng phải chịu mức thuế suất 5% theo quy định mới.
Theo ông Nguyễn Nam Hải, Chủ tịch VICOFA hiện nay, giá cà phê nhân đang ở mức trên 100.000 đồng/kg nên nhu cầu vốn cho kinh doanh xuất khẩu cà phê nhân tăng cao. Do đó, nếu áp dụng thêm 5% thuế VAT thì áp lực về vốn lại tăng thêm vì các doanh nghiệp phải đóng trước, hoàn sau. Mặt khác, Quốc hội vừa đồng ý giảm thuế VAT cho hầu hết các mặt hàng từ 10% xuống 8% đến hết năm 2026; do đó việc áp thuế 5% lên cà phê nhân xuất khẩu sẽ tạo nhiều áp lực về tài chính, chi phí, thủ tục… cho các doanh nghiệp xuất khẩu. Từ đó, đề xuất Thủ tướng Chính phủ, Bộ NN-MT, Bộ Tài chính đưa sản phẩm cà phê nhân sống xuất khẩu vào danh mục không chịu thuế VAT.
Các hiệp hội này đều nhấn mạnh rằng việc phải nộp thuế VAT 5% trước khi xuất khẩu đang tạo ra áp lực tài chính rất lớn cho doanh nghiệp. Vấn đề càng trầm trọng hơn khi các tổ chức tín dụng thường không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động. Doanh nghiệp phải tự bỏ vốn ra để nộp thuế, làm tăng chi phí sản xuất, giảm hiệu quả kinh doanh và trực tiếp ảnh hưởng đến dòng tiền.
RỦI RO PHÁP LÝ VÀ QUY TRÌNH HOÀN THUẾ PHỨC TẠP
Cùng với gánh nặng về vốn, các doanh nghiệp còn phải đối mặt với những rủi ro pháp lý lớn trong quá trình hoàn thuế VAT. Luật Thuế VAT và các nghị định liên quan quy định rằng doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế đầu vào nếu bên bán đã tuân thủ đầy đủ các quy định về thuế.
Theo VASEP, quy định này đặt doanh nghiệp mua vào thế bị động và rủi ro. Họ không có công cụ pháp lý hoặc kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của nhà cung cấp. Nếu bên bán chưa nộp hồ sơ khai thuế hoặc còn nợ thuế, hóa đơn của doanh nghiệp mua sẽ không được chấp nhận hoàn thuế, dù doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ của mình. Điều này có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, tiến độ sản xuất kinh doanh và gây thiệt hại cho doanh nghiệp mà không có lỗi.
Điều này đặc biệt bất cập với cà phê nhân. Chủ tịch VICOFA, ông Nguyễn Nam Hải cho biết, sau khi loại bỏ thuế VAT với mặt hàng này vào năm 2013 vì nhiều bất cập, nay cà phê nhân lại một lần nữa phải chịu thuế 5% từ 1/7/2025. Trong bối cảnh hơn 85% sản lượng cà phê nhân được xuất khẩu, việc thu thuế VAT sau đó lại hoàn thuế gần như không đóng góp vào ngân sách nhưng lại gây ra rất nhiều khó khăn về thủ tục, chi phí và nhân lực cho cả cơ quan thuế lẫn doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, điều kiện hoàn thuế VAT người bán đã kê khai, nộp thuế theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế. Quy định này gây rủi ro cao cho các doanh nghiệp xuất khẩu khi mua hàng phải chờ đợi thời gian dài mới được hoàn thuế trong khi các doanh nghiệp mua hàng đã hoàn thành nghĩa vụ trả thuế VAT cho người bán.
Để giải quyết các vướng mắc này, VASEP, VFA và VICOFA đều đã kiến nghị Chính phủ và Bộ Tài chính xem xét. Các kiến nghị tập trung vào việc: Điều chỉnh lại chính sách thuế, đưa các mặt hàng như thủy sản, gạo, cà phê về diện không phải kê khai, tính nộp thuế VAT như trước đây.
Cùng với đó, ban hành hướng dẫn rõ ràng về cơ chế xác minh việc kê khai thuế của bên bán. Bổ sung quy định cho phép doanh nghiệp mua được hoàn thuế nếu có đầy đủ chứng từ hợp lệ và không có dấu hiệu gian lận. Triển khai hệ thống xác minh tự động bằng công nghệ số để giảm bớt thủ tục kiểm tra thủ công và đẩy nhanh quá trình hoàn thuế.
Những khó khăn từ chính sách thuế VAT mới đang đặt ra một thách thức lớn cho các ngành xuất khẩu mũi nhọn của Việt Nam. Việc giải quyết kịp thời và hợp lý các kiến nghị của doanh nghiệp không chỉ giúp tháo gỡ khó khăn mà còn là yếu tố then chốt để duy trì và nâng cao sức cạnh tranh của hàng hóa Việt Nam trên trường quốc tế.
Theo Bộ Nông nghiệp và Môi trường, kim ngạch xuất khẩu nông lâm thủy sản tháng 6/2025 ước đạt 5,93 tỷ USD, tăng 5,3% so với tháng 6 năm 2024. Lũy kế 6 tháng, tổng kim ngạch xuất khẩu nông lâm thủy sản đạt 33,84 tỷ USD, tăng 15,5% so với cùng kỳ năm 2024. Trong đó, giá trị xuất khẩu các mặt hàng nông sản đạt 18,46 tỷ USD, tăng 17,8%; giá trị xuất khẩu sản phẩm chăn nuôi đạt 264,4 triệu USD, tăng 10,1%; giá trị xuất khẩu thủy sản đạt 5,16 tỷ USD, tăng 16,9%; giá trị xuất khẩu lâm sản đạt 8,82 tỷ USD, tăng 9,3%; giá trị xuất khẩu đầu vào sản xuất đạt 1,13 tỷ USD, tăng 23,6%; giá trị xuất khẩu muối đạt 5,7 triệu USD, tăng 2,4 lần.
Hà Linh