Theo quy định của AFF, các đội vô địch và Á quân giải vô địch quốc gia hoặc đoạt Cup Quốc gia sẽ đại diện cho quốc gia tham dự Cup CLB Đông Nam Á.
Tuy nhiên, Ban tổ chức giải vô địch quốc gia Indonesia (LIB) lại có sự lụa chọn khác. Cụ thể, họ cử đội đứng thứ ba và thứ tư giải quốc nội Liga 1 2024-2025 là Malut United và Persebaya, thay vì Persib Bandung (vô địch) và Dewa United (Á quân), với lý do hai đội dẫn đầu phải tập trung cho các giải đấu châu Á.
Persib Bandung sẽ dự AFC Champions League Two từ vòng play-off, còn Dewa United dự AFC Challenge League.
Indonesia sẽ không dự giải Cup CLB Đông Nam Á 2025-2026.
LIB lo ngại việc phải thi đấu cùng lúc tại nhiều đấu trường (gồm giải quốc nội, hai giải châu Á và thêm Cup CLB Đông Nam Á) sẽ ảnh hưởng đến thành tích và gây khó khăn trong xếp lịch.
Họ muốn các đội mạnh dồn sức cải thiện điểm số trên bảng xếp hạng AFC, qua đó mở cơ hội cho bóng đá Indonesia được góp mặt nhiều hơn tại các giải đấu cấp cao của châu lục.
Tuy nhiên, AFF không đồng ý với phương án của LIB. Khi không đạt được thống nhất, Indonesia quyết định rút lui khỏi giải.
Chủ tịch LIB Ferry Paulus khẳng định, họ sẽ giữ nguyên các thỏa thuận đã đạt được với các CLB từ đầu mùa giải và chưa sẵn sàng thay đổi.
Việc Indonesia rút lui khiến Cup CLB Đông Nam Á 2025–2026 còn lại 14 đội. Các đội từ Việt Nam, Thái Lan, Malaysia, Singapore và Campuchia vẫn cử nhà vô địch và Á quân tham dự đúng quy định của AFF.
Thép Xanh Nam Định sẽ đối đầu Johor Darul Tazim (Malaysia) ở bảng B, còn Công an Hà Nội tái ngộ Buriram United ở bảng A Cup CLB Đông Nam Á 2025-2026.
Như Yên