Bộ Tài chính đang xây dựng hồ sơ dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng để trình Chính phủ, Quốc hội xem xét, thông qua tại kỳ họp thứ 10, Quốc hội khóa XV đang diễn ra.
Luật Thuế giá trị gia tăng có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2025. Tuy nhiên, chỉ sau 4 tháng thực thi, Bộ Tài chính đã nhận được nhiều kiến nghị từ các bộ ngành, doanh nghiệp, hiệp hội về vướng mắc chính sách thuế giá trị gia tăng, đặc biệt là với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi.
Bộ Tài chính ghi nhận nhiều phản ánh vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng, đặc biệt là với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi.
Doanh nghiệp phản ánh việc áp VAT 5% đầu vào với nông sản mua bán ở khâu thương mại khiến vốn bị đọng, chi phí tăng, trong khi hàng nhập khẩu cùng loại lại không chịu thuế, gây bất bình đẳng. Cụ thể, số VAT thu rồi lại hoàn cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê…) dẫn đến lãng phí thời gian, tiền bạc và đọng vốn của doanh nghiệp trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.
Trong khi đơn vị nhập khẩu không phải vay ngân hàng để nộp VAT ở khâu nhập khẩu thì doanh nghiệp xuất khẩu sẽ phải vay ngân hàng để nộp khoản thuế này cho Nhà nước khi mua nông sản, thủy sản sản xuất trong nước để xuất khẩu.
Đối với các doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi, việc áp VAT 5% đầu vào nhưng không được khấu trừ khiến chi phí sản xuất tăng, buộc doanh nghiệp phải đưa phần thuế này vào giá bán. Hệ quả là giá thức ăn chăn nuôi trong nước tăng, ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi, đồng thời làm giảm khả năng cạnh tranh với sản phẩm nhập khẩu, vốn không chịu thuế giá trị gia tăng.
Ngoài ra, các doanh nghiệp xuất khẩu dù được hoàn VAT đầu vào nhưng đang gặp khó khăn do quy định phải chờ bên bán hàng đã khai và nộp thuế đầy đủ mới được hoàn thuế
Trong khi đó, doanh nghiệp mua không có công cụ pháp lý hay kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của nhà cung cấp tại thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế. Nếu bên bán chưa nộp hồ sơ khai thuế hoặc còn nợ thuế VAT, hóa đơn của doanh nghiệp mua sẽ không được chấp nhận hoàn thuế, dù doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai, lưu giữ chứng từ hợp lệ và thanh toán qua ngân hàng.
Việc bị từ chối hoàn thuế trong những trường hợp như vậy ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, tiến độ sản xuất - kinh doanh và gây thiệt hại cho doanh nghiệp, dù lỗi không xuất phát từ phía người mua.
Trước những vướng mắc kể trên, tại tờ trình Chính phủ, Bộ Tài chính cho rằng, việc sửa đổi, bổ sung Luật Thuế giá trị gia tăng là cần thiết. Dự thảo sửa đổi, bổ sung quy định về chính sách thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm nông sản, thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế.
Cụ thể, Bộ Tài chính đề xuất mở rộng phạm vi áp dụng đối tượng không chịu thuế, với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng hoặc đánh bắt chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.
Nếu được thông qua, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng sẽ có hiệu lực từ ngày 1/1/2026.
Việt Linh