Theo quyết định được ban hành, tuyến đường sắt có điểm đầu tại khu vực công viên 23 Tháng 9, phường Bến Thành và điểm cuối tại depot Cần Giờ rộng khoảng 39ha, thuộc xã Cần Giờ.
Tuyến đi qua các phường Bến Thành, Khánh Hội, Xóm Chiếu, Tân Thuận, Tân Mỹ và các xã Nhà Bè, Bình Khánh, An Thới Đông, Cần Giờ.
Từ công viên 23 Tháng 9, tuyến metro đi dọc đường Ký Con, vượt rạch Bến Nghé sang đường Vĩnh Khánh, cắt qua đường Hoàng Diệu rồi vào đường Nguyễn Tất Thành. Đến gần cầu Tân Thuận 2, tuyến chuyển hướng Đông Nam sang đường Nguyễn Văn Linh, qua nút giao cầu Phú Mỹ và tiếp tục đi vào đường Nguyễn Lương Bằng.
Sau đó, tuyến đi giữa các trục Nguyễn Lương Bằng, đường 15B và đường D1, vượt sông Rạch Đĩa sang địa phận Nhà Bè. Tuyến tiếp tục đi qua khu tái định cư Vạn Phát Hưng, khu dân cư Phú Xuân rồi vượt sông Soài Rạp sang xã Bình Khánh.
Tại khu vực Bình Khánh, tuyến đi song song với cao tốc Bến Lức - Long Thành trước khi nhập vào hành lang đường Rừng Sác. Tuyến tiếp tục bám theo đường Rừng Sác, vượt nhiều sông rạch để đến xã Cần Giờ.
Theo UBND TP.HCM, hướng tuyến được lựa chọn đi qua vùng đệm Khu dự trữ sinh quyển Cần Giờ và không đi vào vùng lõi.
Nhà đầu tư dự kiến bố trí 2 ga trong giai đoạn 1 gồm ga Bến Thành và ga Cần Giờ. Giai đoạn 2 sẽ bổ sung thêm 4 ga gồm Tân Thuận, Tân Mỹ, Nhà Bè và Bình Khánh. Depot và trung tâm điều hành OCC dự kiến đặt tại xã Cần Giờ.
UBND TP.HCM giao Công ty CP Đầu tư và Phát triển đường sắt cao tốc Vinspeed hoàn thiện hồ sơ phương án tuyến, vị trí công trình và tổ chức lựa chọn phương án kiến trúc cho các ga, cầu đường sắt cùng các hạng mục liên quan.
Thạch An