Các tỉnh, thành Đồng bằng sông Cửu Long đã nêu hàng loạt những khó khăn về nhân sự, thủ tục, phân cấp, phân quyền sau sáp nhập từ khi đi vào vận hành chính quyền địa phương 2 cấp. Đồng thời, kỳ vọng Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ sớm ban hành những hướng dẫn cụ thể, nhất là về chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị sự nghiệp công lập sau sáp nhập; thủ tục hành chính trong lĩnh vực khoáng sản, tài nguyên nước, đất đai…