Thực hiện mô hình chính quyền địa phương 2 cấp, phường Phúc Yên được thành lập trên cơ sở hợp nhất 5 phường: Hai Bà Trưng, Tiền Châu, Hùng Vương, Phúc Thắng, Nam Viêm của thành phố Phúc Yên, tỉnh Vĩnh Phúc (cũ). Việc sáp nhập địa giới hành chính đã mở rộng không gian mới để Phúc Yên quy hoạch các khu công nghiệp, đô thị quy mô lớn hơn, từ đó, tạo nền tảng vững chắc cho sự phát triển bền vững của địa phương.