Việc sắp xếp, hợp nhất các đơn vị hành chính và triển khai mô hình chính quyền địa phương hai cấp đã đặt ra nhiều thách thức trong công tác theo dõi, thực hiện kiến nghị kiểm toán. Trước tình hình đó, Kiểm toán nhà nước (KTNN) đã chỉ đạo các đơn vị kiểm toán phối hợp chặt chẽ với Bộ, ngành, địa phương để xác định rõ chủ thể chịu trách nhiệm việc theo dõi, thực hiện các kiến nghị kiểm toán, đảm bảo hoạt động thực hiện kiến nghị kiểm toán không bị gián đoạn, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả kiểm toán.