Theo Bộ Tài chính, dù hệ thống pháp lý, cơ chế điều hành được hoàn thiện đáng kể nhưng vẫn tồn tại nhiều 'điểm nghẽn' như công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng, quy trình thủ tục đầu tư hay phối hợp giữa các cấp, các ngành, ảnh hưởng trực tiếp đến tiến độ giải ngân vốn đầu tư công.